今回のケースの場合は、医療費を補てんするための保険金等には当たりません。

医療費控除額を計算する場合、医療費の補てんに充てられる保険金や損害賠償金があるときは、その金額を支払った医療費の金額から差し引くこととされていますが(所得税法第73条第1項)、次のようなものは、この医療費を補てんする保険金等には当たりません(所得税基本通達73-9)。

(1)　死亡したこと、重度障害の状態となったこと、療養のため労務に服することができなくなったことなどに基因して支払を受ける保険金、損害賠償金等

(2)　社会保険又は共済に関する法律の規定により支給を受ける給付金のうち、健康保険法の規定により支給を受ける傷病手当金又は出産手当金その他これらに類するもの

(3)　使用者その他の者から支払を受ける見舞金等(医療費の補てんを目的として支払を受ける給付金を除きます。)