特定健康診査の自己負担額は、平成21年分の医療費控除の対象となる医療費に該当することになります。

特定健康診査の自己負担額は、人間ドックの費用のように医療費に該当するものではありません。しかし、その特定健康診査の結果が高血圧症、脂質異常症又は糖尿病と同等の状態と診断され、かつ、引き続き特定健康診査を行った医師の指示に基づき特定保健指導が行われた場合には、その特定健康診査の自己負担額も医療費に該当するものとして取り扱われます（所得税基本通達73-4）。なお、特定健康診査に代えて人間ドックを受診した場合は、その人間ドックに要した費用は、特定健康診査に係る診断料と同様の取扱いとなります。
ところで、所得税法第73条第1項に規定する「その年中に支払った当該医療費」とは、その年中に現実に支払った医療費をいうものとされますから（所得税基本通達73-2）、一連の治療が年をまたがって行われた場合には、その医療費は支払った日の属する年ごとに医療費控除の対象とされることになります。
したがって、照会の場合、特定保健指導の自己負担額は平成22年分の医療費控除の対象とされますが、その特定保健指導に係る特定健康診査の自己負担額は平成21年12月に支払っていますから、平成21年分の医療費控除の対象となる医療費となります。また、平成21年分の所得税において特定健康診査の自己負担額について医療費控除の適用を受ける場合には、その自己負担額の領収書と積極的支援に係る領収書の写しを確定申告書の提出の際に添付又は提示してください（所得税法第120条第3項第1号、所得税法施行令第262条第1項）。