平成21年度税制改正では、二世帯住宅に有利な改正が盛り込まれました。
増改築で住宅ローン控除を適用する場合、現行では「自己の居住の用に供している自己の所有する家屋について行う一定の工事」という要件をクリアしなければいけません。着工前の段階で自分が「所有」し、実際に「居住」している家でなければ適用できないということになっており、たとえば、親が住んでいる家を二世帯住宅に 改築して子ども夫婦が同居する場合、工事完了後に初めて登記し居住するとなるとローン控除の適用はありませんでした。
今回の税制改正ではこの居住要件が緩和され、自分が所有する家屋であれば実際に居住する前に増改築した場合でも、増改築後６カ月以内に居住すれば住宅ローン控除が適用できるようになりました。所有要件は従前のままですが、こちらは着工前に登記をすることで対応可能です。
ほかに二世帯住宅の有利な点として、「床面積50平方メートル以上」という住宅ローン控除の面積要件の判定があります。面積要件は、区分所有の場合は実際の持分だけで判断するのに対し、共有の場合は持分割合に限らず全体の床面積で判断するため、たとえば、家屋全体の床面積が１００平方メートルでも、区分所有している面積が49平方メートルなら適用対象外となってしまいますが、共有であれば基準値が１００平方メートルとなるため非常に有利です。
所有形態の面積要件への影響は、登録免許税の特例でも同じことがいえます。共有登記しておけば、持分割合に応じた登記であっても親子の持分を合わせた全体の床面積で50平方メートル以上あるかどうかを判定することができます。（エヌピー通信社）