国税庁は「優良な電子帳簿」を推奨している。
電子帳簿等保存制度は、税法上保存が必要な帳簿や書類を電子データのまま保存できるもので、システムの説明書やディスプレイの備え付け、税務職員からのデータダウンロード要求に応じることが条件となる。
これにより、帳簿や書類を印刷してファイリングする手間が省けるメリットがある。
この「優良な電子帳簿」とは、訂正・削除・追加の履歴が残ること、帳簿の相互関連性があること、取引の日付・金額・相手方に関する検索機能があることなどの要件を満たすものであり、これにより過少申告のミスがあっても、過少申告加算税の割合が原則10％から５％に軽減される。
この軽減措置を受けるためには、法定申告期限までに届出書を提出し、課税期間の最初から優良な電子帳簿として備付け・保存を行う必要がある。
対象となる帳簿は仕訳帳、総勘定元帳、その他必要な帳簿に限定される。
具体例として、所得税・法人税では、売上帳、仕入帳、経費帳、売掛帳、買掛帳、受取手形記入帳、支払手形記入帳、貸付帳、借入帳、未決済項目に係る帳簿、固定資産台帳、繰延資産台帳、賃金台帳、有価証券受払い簿などが挙げられており、消費税については、消費税法に規定する一定の帳簿が対象となる。
これらの帳簿をすべて作成する必要はなく、自身が作成している帳簿のうち、要件を満たすものだけでよい。
例えば、手形を扱っていない会社は受取手形記入帳や支払手形記入帳を作成する必要はない。
国税庁は、会計ソフトを導入する際に、日本文書情報マネジメント協会（JIIMA）の認証を受けた会計ソフトを選ぶことを推奨している。
JIIMA認証マークが付いた会計ソフトは優良な電子帳簿の機能要件を満たしており、購入の際の参考になる。