何となく、状況が分かって来ました。会社の全部事項証明書(謄本)が取れると言う事は、補正が無い状態なので、私が社長から渡されたコピー(社長は前任の司法書士さんから渡された)「登記原因情報」は、登記所宛にはなっているものの、受付印等は無く、現物出資の登記を本当は申請していないとしか思われないとの後任の司法書士さんの結論です。ウソの書類を依頼主に渡す（手数料は請求・支払い済み）司法書士が居るのかと社長は怒っています。当然ですよね。
しかし、時間は待ってくれれません。土地の譲渡登記は完了しており、譲渡所得の申告も完了しております。懸案だった発行済み株式総数も、本来のモノに変えました。残りは増資だけです。会社は８月決算なので、１０月中に税務申告を行う必要があり、その結果が直前期末の純資産総額及び類似業種批准額になります。今期で税務上の累積欠損が無くなり、株価がアップします。逆に言えば、発行すべき株式数が少なくなると言う事になり、現会長を超える持ち株数にはならなくなるので、贈与を絡めた微調整が不要になります。
と、思って待っていたのですが、１２/６付で類似業種批准価額が発表されました（目に見える形では12/13）。残念ながら株価に変化が無く、評価額は同じになりました。贈与が必要です。